1．信息系統(tǒng)開發(fā)的復雜性
2．信息系統(tǒng)運行的復雜性 一個涉及企業(yè)全局的信息系統(tǒng)要做到良好的運行，需要特別解決好以下四個問題。
一是要解決基礎(chǔ)數(shù)據(jù)的問題。由于一個信息系統(tǒng)所處理的對象主要是數(shù)據(jù)，因此，數(shù)據(jù)的質(zhì)量問題是十分重要的。軟件工程中有一句話：“輸入的是垃圾，輸出的肯定也是垃圾”。這就是說，信息系統(tǒng)不可能“化腐朽為神奇”、不可能把垃圾數(shù)據(jù)處理成有用的數(shù)據(jù)。而一些信息系統(tǒng)的需求單位，恰恰是基礎(chǔ)數(shù)據(jù)不全、不準或不一致。所謂數(shù)據(jù)不全是指只有部分信息系統(tǒng)所需要的數(shù)據(jù)，例如，一個企業(yè)有10個下屬單位，只有6個下屬單位有數(shù)據(jù)，其他則沒有，這樣一來，該系統(tǒng)的運行效果就必然大打折扣。所謂數(shù)據(jù)不準，就是指一些基礎(chǔ)數(shù)據(jù)有差錯，由此，必然影響系統(tǒng)的可靠性。所謂數(shù)據(jù)不一致，是指同一項數(shù)據(jù)在不同的地方取不同的值。
二是領(lǐng)導介入的問題。企業(yè)的信息系統(tǒng)絕不僅僅是一個軟件的使用，它不僅要涉及企業(yè)的組織流程和企業(yè)的機構(gòu)調(diào)整，而且涉及因信息系統(tǒng)的運行而使企業(yè)發(fā)生許多新的變化，這些都決定了信息系統(tǒng)不是一個技術(shù)的問題。同時，許多問題和障礙也不是僅靠技術(shù)人員就能解決的。信息系統(tǒng)的運行需要企業(yè)最高領(lǐng)導層的介入，而在一些企業(yè)的管理層里，對此卻缺乏足夠的認識。在一些企業(yè)里，最高管理層把信息系統(tǒng)的建設(shè)和運行交給信息技術(shù)部門就算萬事大吉，持有這樣做法的企業(yè)，其信息系統(tǒng)的良好運行必將成為問題。
三是最終用戶問題。企業(yè)信息系統(tǒng)的最終用戶，也就是信息系統(tǒng)的使用者往往是那些企業(yè)管理機構(gòu)的業(yè)務(wù)人員。信息系統(tǒng)運行的難題是要讓這些業(yè)務(wù)人員接受信息系統(tǒng)，首先，需要改變他們長時間形成的一些工作習慣，這往往是比較困難的。再者，這些業(yè)務(wù)人員需要熟悉并掌握信息系統(tǒng)的一些技術(shù)和工作方法，這也是一個比較復雜的過程。
四是系統(tǒng)分析師的問題。由于信息系統(tǒng)是復雜的人一機工程，因而最需要的人才是既懂經(jīng)營管理又懂計算機技術(shù)的專家型的人才，也就是系統(tǒng)分析師。而很多企業(yè)在建設(shè)和運行信息系統(tǒng)時，恰恰缺少的就是系統(tǒng)分析師。
3．信息系統(tǒng)維護改造的復雜性